嚴謹的Western Blot實驗設計中要求有良好的參照體系，對實驗結果分析是非常有用。特別是當實驗出現問題時，借助參照體系很容易就可以查出問題所在。良好的參照體系通常包括分子量Marker（用來確定蛋白條帶對應的分子量大小），空白載體對照（如果是誘導表達體系還應該有誘導前的對照），已知量標準產物的正對照；另外還有內參。內參即是內部參照（Internal Control），對于哺乳動物細胞表達來說一般是指由管家基因編碼表達的蛋白(Housekeeping Proteins)，它們在各組織和細胞中的表達相對恒定，在檢測蛋白的表達水平變化時常用它來做參照物。蛋白含量是肯定要測的。首先合適的上樣蛋白，western圖才比較比較美觀。而且對于需要半定量的western，那是肯定要測含量后再做western了。
1.marker呢，就相當于一把標尺，用于驗證你的目的蛋白的分子量，比如你的marker上有30和35kD的蛋白條帶，而你的目的蛋白是32kD，跑膠以后你如果看到你的目的蛋白條帶在30和35kD之間，就可以初步斷定是你的目的蛋白。
2. 內參呢，內參也叫看家基因，在組織或細胞中都會表達，且表達量在不同組織或細胞中幾乎是相同的，一般有β-ACTIN，GAPDH等。其作用有二，1. 是看提取蛋白質量的好壞。如果做western的時候，內參照蛋白有條帶，而目的蛋白沒有，說明蛋白的提取和轉膜等步驟沒有問題，是目的蛋白的抗體質量不好或者是稀釋倍數不對。2. 是比較客觀的說明目的蛋白的表達情況，消除上樣量等的誤差。不同的標本之間由于蛋白提取的量有差別，可能強陽性的表達跑出來的帶很弱。因此設立內參照，比較不同標本之間的表達情況。
3. 測一下蛋白濃度再上樣，這樣好點。當然也看你的實驗室是定性還是定量了，定性的話，我覺得可以不用測濃度；要是準備定量，還是盡量保證上樣量一致吧。
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